埃梅里早在2004年就成为一线队主帅国王杯冠军欧冠欧联，2006年率领阿尔梅里亚重返西甲国王杯冠军欧冠欧联，次年成功避免降级。2008年，埃梅里得到瓦伦西亚的赏识，并在2008/09赛季执教瓦伦西亚。在蝙蝠军团的四个赛季中，他率队夺得西甲联赛第三名，并三次获得欧冠资格。10-11赛季，在卖掉比利亚和大卫·席尔瓦后，埃梅里率领瓦伦西亚前6场5胜，取得了球队最佳开局。
随后在2013年开始执教塞维利亚，埃梅里率领塞维利亚连续夺得欧联杯三连冠，塞维利亚开始被誉为“欧联杯之王”。出色的表现也让埃梅里得到了巴黎圣日耳曼的赏识。2016年夏天，埃梅里入主巴黎圣日耳曼，三年内夺得七座冠军奖杯，其中包括一座法甲冠军和两座法国杯冠军。2018年夏天，温格离开后，埃梅里成为枪手新任主教练，任职一年零四个月后，因成绩不佳被阿尔特塔取代。
失业近一年后，埃梅里重返西班牙足坛，执教比利亚雷亚尔。2020-21赛季，埃梅里率队在联赛、欧联杯和国王杯中连续19场保持不败，并在当年的欧联杯决赛中击败国米夺得欧联杯冠军，捧起比利亚雷亚尔成立以来首座冠军奖杯；同时，还4次夺得欧联杯冠军，成为夺得欧联杯冠军次数最多的主帅。21-22赛季欧冠八强赛，埃梅里率队爆冷战胜拜仁，追平黄色潜水艇在欧冠历史上的最佳战绩。
2022年10月，前利物浦队长杰拉德因带队成绩不佳被维拉解雇，埃梅里也将赴英超执教维拉；埃梅里一改球队颓势国王杯冠军欧冠欧联，帮助维拉时隔13年重获欧联杯资格。本赛季，维拉成绩强势反弹，目前维拉已经超越热刺和曼联，高居英超第四，占据欧冠席位主动权；同时，还进入了欧冠半决赛。这是本赛季英超联赛中仅存的一支还在欧战中奋战的球队。而且本赛季他们还先后战胜了切尔西、热刺、曼城，双杀阿森纳。值得一提的是，埃梅里上任以来，率队在59场英超比赛中取得了35胜10平14负的战绩，夺得115个英超积分，仅次于同期的曼城、阿森纳和利物浦，表现十分强势。
由于图赫尔将在本赛季末被解雇，拜仁正在积极寻找主教练。然而，纳格尔斯曼已经与德国队续约，埃梅里这次留在英超，让拜仁的接班人选寥寥无几。罗马诺认为，上赛季担任曼联主教练的朗尼克和布莱顿主教练德泽比是剩下的几个人选。
